肛瘘主要由肛周脓肿破溃或切开引流后迁延不愈所致，细菌感染是关键诱因。此外，不良生活习惯如久坐、便秘、腹泻，会增加肛周压力与损伤;克罗恩病、溃疡性结肠炎等肠道疾病，糖尿病导致的免疫力低下，也会提高肛瘘发生风险;少数情况下，外伤、结核等也可能引发肛瘘。